Resumen

Si consideramos una célula viva como una fábrica bioquímica, entonces las proteínas son su fuerza obrera, actuando como catalistas, transportadoras y mensajeras, entre otros roles. Un genoma humano codifica unas 20000 de estas macromoléculas biológicas. La diversidad funcional de las proteínas está íntimamente ligada a las diversas formas tridimensionales (3D) que adoptan, capaces de reconocimiento molecular altamente específicos. Entender o simular los procesos moleculares que gobiernan el plegamiento de las proteínas y su función (molecular, celular, biológica) es un reto mayor de la biología molecular. De hecho, seguimos sin disponer de una teoría satisfactoria de la estructura proteica, basada en principios físicos y químicos. Afortunadamente, una solución práctica al problema de predecir la forma y función de las proteínas es ofrecida por la misma naturaleza. La evolución molecular produjo una red densa de proteínas emparentadas. Al inferir características de una proteína basadas en funciones o estructuras de sus parientes, explotamos estas relaciones evolutivas para predecir formas y/o propiedades funcionales.

Examinaremos viejas conjeturas sobre la naturaleza discreta-continua de la exploración del espacio de secuencias de proteínas, donde una fuerza mayor es la selección purificadora, que remueve secuencias que no llevan a formas 3D funcionales.

Trabajos seleccionados

Martes 20 de setiembre

• Diapositivas.
• Maynard-Smith, 1970.
• Chothia, 1992.
• Bornberg-Bauer, 1997. Opcional, comentado en clase.

Jueves 22 de setiembre

• Diapositivas
• Romero-Romero et al. 2016
• Alva et al. 2015. Opcional, discutido en clase.

Martes 27 de setiembre

• Elowitz et al, 2000.
• Gardner et al, 2000.
• Bray et al, 1995. Opcional.
• Birge et al, 1995. Opcional.

Jueves 29 de setiembre

• Chen et al, 2020.
• Elowitz et al, 2022.